تختص المحكمة الاتحادية العليا بحسب المادة 93 من الدستور بما يأتي:

أولاً:- الرقابة على دستورية القوانين والأنظمة النافذة.
ثانياً:- تفسير نصوص الدستور.
ثالثاً:- الفصل في القضايا التي تنشأ عن تطبيق القوانين الاتحادية، والقرارات والأنظمة والتعليمات، والإجراءات الصادرة عن السلطة الاتحادية، ويكفل القانون حق كل من مجلس الوزراء، وذوي الشأن، من الأفراد وغيرهم، حق الطعن المباشر لدى المحكمة.
رابعاً:- الفصل في المنازعات التي تحصل بين الحكومة الاتحادية، وحكومات الأقاليم والمحافظات والبلديات والإدارات المحلية.
خامساً:- الفصل في المنازعات التي تحصل فيما بين حكومات الأقاليم أو المحافظات.
سادساً:- الفصل في الاتهامات الموجهة إلى رئيس الجمهورية، ورئيس مجلس الوزراء والوزراء، وينظم ذلك بقانون.
سابعاً:- المصادقة على النتائج النهائية للانتخابات العامة لعضوية مجلس النواب.
ثامناً:-
‌أ- الفصل في تنازع الاختصاص بين القضاء الاتحادي، والهيئات القضائية للأقاليم والمحافظات غير المنتظمة في إقليم.
‌ب- الفصل في تنازع الاختصاص فيما بين الهيئات القضائية للأقاليم، أو المحافظات غير المنتظمة في إقليم.